巫山十二峰是巫峡当中最著名的景点。十二峰为：登龙峰、圣宗泉、朝云峰、神女峰、松峦峰、集仙峰、净坛峰、起云峰、飞凤峰、上升峰、翠屏峰和聚鹤峰。（其中净坛峰、起云峰、上升峰隐于岸上山后，在船上见不到。）十二峰中最为美丽动人的是神女峰、有关仙女瑶姬的为民除害、协助大禹治水、并化做神女峰石，永保三峡航路平安的传说，更使神女峰蒙上了一层神秘的色彩。

　　传说在很久很久以前，长江巫峡南岸翠屏峰下的青石洞里，住着十二条蛟龙。一天，这十二条恶龙窜出了山洞，搅得巫峡上空天昏地暗，百姓们被大风卷上了天空，房屋树木被飞沙走石打得稀烂，人畜死伤无数。这时，西王母的小女儿瑶姬正好从东海云游归来，她驾着彩云路过巫山上空时，看到十二条恶龙为非作歹，十分生气。瑶姬用手一指，天上响起了惊天动地的炸雷，把十二条恶龙炸成了千万段碎尸，纷纷落下地来。

　　可是，恶龙的碎骨堆成了一座座崇山峻岭，利刃般的山峰直插云霄，填满了河谷，堵塞了水道。江水急剧上涨，淹没了村庄、田野和城镇，眼看就要把四川变成一片汪洋大海了。瑶姬情急之中想起了治水英雄大禹，连忙驾云去找大禹来帮忙。

　　大禹听说后，一口气赶到巫山。他挥舞神斧，驱赶神牛，不停地开山疏流。谁知恶龙化成的山石坚硬无比，怎么也劈不开。瑶姬被大禹治水的精神感动了，又邀请她的姐姐们下凡来帮助大禹开凿河道。她还回到天宫，向王母娘娘搬兵求救。王母十分疼爱她的小女儿，就趁玉皇大帝午睡的时候，到他的宝库中找到了《上清宝文理水》天书，授予了大禹。大禹得到宝书后，呼风唤雨，用雷炸，用电击，用水浇，很快劈开了三峡，疏通了积水，从此，四川变成了物产丰富的“天府之国”。

　　大功告成之后，瑶姬本来是要回天宫去的，但是，她看到还有很多恶龙尸骨化成的顽石隐藏在江水里，形成了无数暗礁险滩，来往的船只经常被阻或触礁沉没。瑶姬放心不下，决定和她的十一个姐姐一起留下来，为船工们导航。天长日久，十二位仙女化作了十二座山峰，耸立在幽深秀美的巫峡两岸。这就是巫峡十二峰的来历。