简称进化论，是生物学最基本的理论之一。进化(Evolution)，是指生物在变异、遗传与自然选择作用下的演变发展、物种淘汰和物种产生过程。地球上原来无生命，大约在30多亿年前，在一定的条件下，形成了原始生命，其后，生物不断地进化，直至今天世界上存在着170多万个物种。生物进化论最早是由查尔斯·罗伯特·达尔文提出的，在其名著《物种起源》中有详细的论述。
进化论有三大经典证据：比较解剖学、古生物学和胚胎发育重演律。
生物进化可以分成三个层次：微进化(生物群体中基因频率的改变)、新种生成和大进化(从一个类型到另一个类型的跃变，比如从鱼类进化到两栖类)。现代综合学说完美地解释了微进化和新种生成，并认为由微进化和新种生成的研究所得的结果可以进一步推广到大进化。但是一些生物学家对这个推论表示怀疑，他们认为生物大进化可能有属于自己的机理。按照他们的观点，生物新类型的产生是在生物胚胎发育过程中基因突变的结果。胚胎发育时的微小突变可以导致成体的巨大变化。最近发育生物学的研究似乎证明了这一点：如果在胚胎发育过程中，某种基因的表达速度变慢，就会使鱼鳍变成肢足。可以预见，随着发育生物学的发展，越来越多的大进化难题将被解决。
