常演剧目有《雍凉关》、《七星灯》、《搜孤救孤》、《搜府盘关》、《完璧归赵》、《马鞍山》、《卧龙吊孝》、《胭粉计》、《善宝庄》（即《敲骨求金》）、《雪杯圆》、《骂杨广》、《洪羊洞》、《三娘教子》及《四进士》等。孙派艺术的直接传人不多，双阔亭、时慧宝分别继承了他的高亢挺峭和低回浑厚，天津票友王竹生、李东园等学孙也有似处。他的唱腔、唱法、念白诸方面的特色大多被后来的一些名家吸收，如麒派得其粗豪苍劲，马派取其风趣自然，高派派传其慷慨奔放，甚至刘派也取法于他的悲壮激昂。孙菊仙的特色唱腔在丑行演员萧长华的唱段中也有所体现。
　　1886年孙菊仙被招入清宫的升平署，在宫廷内演戏同时兼任教习达十六年之久。孙菊仙的京剧表演艺术甚受慈禧太后的称赏，被赐予三品顶带。
　　1900年八国联军入侵后，京城的寓所被毁，全家迁往上海，在上海从事演出和经营剧班十余年。孙菊仙的演唱受到旅沪的天津商人的赞赏，因为同里关系，亲切地称呼他“老乡亲”，此后，这个称呼逐渐在各地叫响，即使演出的海报、戏单上也以此相称。辛亥革命后孙菊仙回到了北京，自民国政府成立后他就很少参加商业演出。但是对水旱赈灾、养老恤孤之事却乐而为之，至老不疲。
　　二十世纪二十年代，晚年的孙菊仙回到了久别的故乡津。返津后，他始终关注着家乡京剧艺术的发展，重视培养京剧人才。积极参加天津票友界的活动，经常到票房清唱。孙菊仙与当时主持天津社会教育办事处的天津教育家林墨青在戏剧改革方面志趣相合，曾在草厂庵共同组织京剧团体——鹤鸣社。