钱学森在上海交通大学读书时，好友之中有几位地下党员，他自己也参加过共产党外国组织的活动，读过马克思、布哈林等人的书。他在美国学习、工作期间，正值第二次世界大战。虽身在异国，但他心系祖国的抗日战争，经常和几位好友聚在一起，谈论战争形势，对祖国的命运深感忧虑。
钱学森的这些交际和社会活动引起了美国当局的注意：因为他参与了美国导弹的研制和美军尖端武器发展规划的制定等高度机密性工作，使得美国右翼势力相当紧张。
当钱学森提出要回到新中国时，便立即受到严酷的政治迫害。在长时间里失去了人身自由，当局还经常对他严加审讯，千方百计逼他承认自己是“共产党员”，属非法入境。
在已公开的美国联邦调查局档案中记载了这样一次审讯：
美国检察官突然问钱学森：“你忠于什么国家的政府？”钱学森回答：“我是中国人，当然忠于中国人民，所以我忠心于对中国人民有好处的政府，敌视对中国人民有害的任何政府。”
检察官追问：“你说的‘中国人民’是什么意思？”钱学森答：“四亿五千万中国人。”
检察官说：“这四亿五千万人现在分成了两部分，那么我问你，你是忠于在台湾的国民党政府，还是忠于在大陆的共产党政权？”钱学森答：“我认为我已经说过我忠于谁的原则了，我将根据自己的原则做出判断。”
检察官再问：“你在美国这么长时间，你敢发誓说，你是忠于美国政府的吗？”钱学森答：“我的行动已经回答了这个问题，在第二次世界大战中，我用自己的知识帮助美国做事。”
检察官又问：“你现在要求回中国大陆，那么你会用你的知识去帮助大陆的共产党政权吗？”钱学森说：“知识是我个人的财产，我有权要给谁就给谁。”
检察官又说：“那么你就不让政府来决定你所应当忠心的对象吗？”这一下钱学森可抓住了他的把柄，又正辞严地回答说：“不，检察官先生，我忠于谁是要由我自己来决定的。难道你的意愿都是美国政府为你决定的吗？”
检察官狼狈不堪。第二天洛杉矶报纸上的大字标题是：“被审讯的不是钱学森，而是检察官！”